| 1. Round | 24/09/2003 | AJ Auxerre | - | Neuchâtel Xamax FC | 1:0 | ||||
| 1. Round | 15/10/2003 | Neuchâtel Xamax FC | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 2. Round | 06/11/2003 | FC Utrecht | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 2. Round | 27/11/2003 | AJ Auxerre | - | FC Utrecht | 4:0 | ||||
| 3. Round | 26/02/2004 | AJ Auxerre | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 3. Round | 03/03/2004 | Panathinaikos | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| Round of 16 | 11/03/2004 | AJ Auxerre | - | PSV Eindhoven | 1:1 |  |
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