| 2. Round | 08/03/2025 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 3. Round | 15/03/2025 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 4. Round | 29/03/2025 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 5:0 |  |
|||
| 5. Round | 05/04/2025 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 6. Round | 08/04/2025 | JK Tammeka | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 8. Round | 18/04/2025 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:0 | ||||
| 9. Round | 22/04/2025 | FC Flora | - | Harju JK | 4:1 |
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