| 7. Round | 02/10/2016 | Marbella FC | - | Mérida AD | 2:1 |  |
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| 23. Round | 28/01/2017 | Granada CF B | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 24. Round | 05/02/2017 | Mérida AD | - | San Fernando CD | 3:0 | ||||
| 27. Round | 26/02/2017 | Real Jaén | - | Mérida AD | 0:1 | ||||
| 29. Round | 12/03/2017 | Extremadura UD | - | Mérida AD | 1:1 |  |
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| 38. Round | 14/05/2017 | Mérida AD | - | La Roda CF | 3:0 |
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