| 1. Round | 22/07/2013 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 1:1 | ||||
| 2. Round | 27/07/2013 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 3. Round | 04/08/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 4:0 | ||||
| 4. Round | 10/08/2013 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 5. Round | 16/08/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 2:2 | ||||
| 6. Round | 23/08/2013 | FK Dukla Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 |  |
|||
| 7. Round | 01/09/2013 | FK Mladá Boleslav | - | FK Teplice | 1:0 | |
|||
| 8. Round | 14/09/2013 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 0:4 | ||||
| 9. Round | 22/09/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Vysočina Jihlava | 3:1 | ||||
| 10. Round | 28/09/2013 | 1. SC Znojmo | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | |
|||
| 11. Round | 18/10/2013 | FK Baumit Jablonec | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 12. Round | 27/10/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Zbrojovka Brno | 5:2 | ||||
| 13. Round | 04/11/2013 | Bohemians Praha 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | |
|||
| 15. Round | 23/11/2013 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 4:1 | ||||
| 16. Round | 01/12/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Baník Ostrava | 4:0 |
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