| 1. Round | 31/07/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 3:0 | ||||
| 2. Round | 07/08/2016 | 1. FK Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 | ||||
| 3. Round | 13/08/2016 | FK Mladá Boleslav | - | MFK Karviná | 1:2 | ||||
| 4. Round | 19/08/2016 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 5. Round | 26/08/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FC Hradec Králové | 2:0 | ||||
| 6. Round | 10/09/2016 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 7. Round | 17/09/2016 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 3:0 | ||||
| 8. Round | 23/09/2016 | FK Jablonec | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 |  |
|||
| 9. Round | 01/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FK Dukla Praha | 1:0 | ||||
| 10. Round | 14/10/2016 | Bohemians Praha 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 11. Round | 22/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Zbrojovka Brno | 3:3 | ||||
| 12. Round | 29/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FC Fastav Zlín | 1:2 | ||||
| 13. Round | 04/11/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | |
|||
| 14. Round | 19/11/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 0:0 | ||||
| 15. Round | 26/11/2016 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 16. Round | 04/12/2016 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 2:2 |
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