| 1. Round | 02/10/2008 | Valencia CF | - | CS Marítimo | 2:1 | ||||
| Group G | 06/11/2008 | Valencia CF | - | FC København | 1:1 | ||||
| Group G | 27/11/2008 | Rosenborg BK | - | Valencia CF | 0:4 | ||||
| Group G | 04/12/2008 | Valencia CF | - | Club Brugge KV | 1:1 | ||||
| Group G | 17/12/2008 | AS Saint-Étienne | - | Valencia CF | 2:2 |  |
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| 3. Round | 18/02/2009 | Dinamo Kiev | - | Valencia CF | 1:1 | ||||
| 3. Round | 26/02/2009 | Valencia CF | - | Dinamo Kiev | 2:2 |  |
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