| 15. Round | 03/01/2024 | Anagennisi Karditsa | - | AEP Iraklis FC | 2:1 | ||||
| 16. Round | 07/01/2024 | AEP Iraklis FC | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 17. Round | 15/01/2024 | PAOK Saloniki II | - | AEP Iraklis FC | 1:1 | ||||
| 20. Round | 04/02/2024 | Levadiakos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 21. Round | 11/02/2024 | AEP Iraklis FC | - | Niki Volou FC | 1:0 | ||||
| 22. Round | 14/02/2024 | Apollon Pontou | - | AEP Iraklis FC | 0:1 | ||||
| 23. Round | 19/02/2024 | AEP Iraklis FC | - | Kampaniakos FC | 2:2 | ||||
| 24. Round | 25/02/2024 | AEK Athen II | - | AEP Iraklis FC | 0:0 | ||||
| 25. Round | 04/03/2024 | Kozani FC | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 26. Round | 11/03/2024 | AEP Iraklis FC | - | Aiolikos Mytilinis | 3:0 |
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