| 4. Round | 12/09/2008 | Alemannia Aachen | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 5. Round | 21/09/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 11. Round | 02/11/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Freiburg | 4:0 | ||||
| 12. Round | 09/11/2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | ||||
| 15. Round | 30/11/2008 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 17. Round | 12/12/2008 | TuS Koblenz | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 20. Round | 15/02/2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 24. Round | 15/03/2009 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 26. Round | 03/04/2009 | FC Augsburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 29. Round | 26/04/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FSV Mainz 05 | 3:4 |  |
|||
| 31. Round | 10/05/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 | ||||
| 32. Round | 14/05/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Round | 17/05/2009 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 34. Round | 24/05/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TuS Koblenz | 4:0 |
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