| 1. Round | 08/01/2012 | Puebla FC | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 2. Round | 15/01/2012 | Atlas Guadalajara | - | Cruz Azul | 0:2 | ||||
| 3. Round | 21/01/2012 | Gallos Blancos (old) | - | Atlas Guadalajara | 2:1 | ||||
| 4. Round | 29/01/2012 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 1:0 | ||||
| 5. Round | 04/02/2012 | Estudiantes Tecos | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 6. Round | 12/02/2012 | Atlas Guadalajara | - | CF América | 1:1 | ||||
| 7. Round | 19/02/2012 | UANL Tigres | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 8. Round | 26/02/2012 | Club San Luis | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 9. Round | 04/03/2012 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 0:0 | ||||
| 10. Round | 11/03/2012 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 11. Round | 18/03/2012 | Atlas Guadalajara | - | Jaguares Chiapas | 0:3 |  |
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| 12. Round | 25/03/2012 | Club Tijuana | - | Atlas Guadalajara | 2:0 |  |
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| 14. Round | 07/04/2012 | Monarcas Morelia | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 15. Round | 15/04/2012 | Atlas Guadalajara | - | CF Monterrey | 1:0 | ||||
| 16. Round | 22/04/2012 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | |
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| 17. Round | 29/04/2012 | Atlas Guadalajara | - | Santos Laguna | 1:3 |  |
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Argentina