| 20. Round | 16/06/2024 | Vegalta Sendai | - | V-Varen Nagasaki | 2:2 | ||||
| 21. Round | 22/06/2024 | V-Varen Nagasaki | - | Fujieda MyFC | 2:0 | ||||
| 27. Round | 17/08/2024 | Montedio Yamagata | - | V-Varen Nagasaki | 4:2 | ||||
| 28. Round | 24/08/2024 | V-Varen Nagasaki | - | Renofa Yamaguchi | 1:2 | ||||
| 29. Round | 31/08/2024 | V-Varen Nagasaki | - | Tochigi SC | 1:1 |  |
|||
| 30. Round | 07/09/2024 | Shimizu S-Pulse | - | V-Varen Nagasaki | 1:1 | ||||
| 31. Round | 15/09/2024 | Iwaki FC | - | V-Varen Nagasaki | 0:2 | ||||
| 32. Round | 22/09/2024 | V-Varen Nagasaki | - | Thespakusatsu Gunma | 2:0 | ||||
| 33. Round | 29/09/2024 | Fagiano Okayama | - | V-Varen Nagasaki | 1:0 | ||||
| 35. Round | 20/10/2024 | Blaublitz Akita | - | V-Varen Nagasaki | 1:2 | ||||
| 36. Round | 27/10/2024 | V-Varen Nagasaki | - | Kagoshima United | 4:1 | ||||
| 37. Round | 03/11/2024 | JEF United Chiba | - | V-Varen Nagasaki | 1:2 | ||||
| 38. Round | 10/11/2024 | V-Varen Nagasaki | - | Ehime FC | 5:2 |
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