| 2. Round | 27/07/2013 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 3. Round | 04/08/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 4:0 | ||||
| 4. Round | 10/08/2013 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 6. Round | 23/08/2013 | FK Dukla Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 8. Round | 14/09/2013 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 0:4 | ||||
| 9. Round | 22/09/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Vysočina Jihlava | 3:1 | ||||
| 13. Round | 04/11/2013 | Bohemians Praha 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 14. Round | 09/11/2013 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 1:2 |
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