| 15. Round | 16/01/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Zbrojovka Brno | 1:1 | ||||
| 22. Round | 07/03/2021 | Dynamo České Budějovice | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 23. Round | 14/03/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Slavia Praha | 0:3 | ||||
| 24. Round | 19/03/2021 | FK Pardubice | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 25. Round | 04/04/2021 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 0:0 | ||||
| 26. Round | 11/04/2021 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 27. Round | 17/04/2021 | FK Mladá Boleslav | - | SFC Opava | 2:0 | ||||
| 28. Round | 20/04/2021 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 29. Round | 24/04/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 0:1 | ||||
| 30. Round | 01/05/2021 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 | ||||
| 31. Round | 08/05/2021 | Zbrojovka Brno | - | FK Mladá Boleslav | 2:3 | ||||
| 32. Round | 16/05/2021 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 4:5 |  |
|||
| 33. Round | 23/05/2021 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 0:3 | ||||
| 34. Round | 29/05/2021 | FK Mladá Boleslav | - | Bohemians Praha 1905 | 3:1 |
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