| 3. Round | 08/08/2006 | FC Gueugnon | - | Chamois Niortais | 0:1 |  |
|||
| 4. Round | 11/08/2006 | Chamois Niortais | - | RC Strasbourg | 2:2 | ||||
| 5. Round | 18/08/2006 | FC Istres | - | Chamois Niortais | 1:0 | ||||
| 6. Round | 25/08/2006 | Chamois Niortais | - | Stade de Reims | 0:0 | ||||
| 7. Round | 08/09/2006 | FC Libourne-Saint-Seurin | - | Chamois Niortais | 3:1 | ||||
| 8. Round | 15/09/2006 | Chamois Niortais | - | SM Caen | 2:2 | ||||
| 9. Round | 22/09/2006 | SC Bastia | - | Chamois Niortais | 4:1 | ||||
| 10. Round | 29/09/2006 | Chamois Niortais | - | FC Metz | 1:1 | ||||
| 11. Round | 13/10/2006 | Dijon FCO | - | Chamois Niortais | 2:1 | ||||
| 13. Round | 27/10/2006 | Stade Brestois 29 | - | Chamois Niortais | 1:0 |  |
|||
| 14. Round | 03/11/2006 | Amiens SC | - | Chamois Niortais | 1:0 | ||||
| 15. Round | 07/11/2006 | Chamois Niortais | - | LB Châteauroux | 2:0 | |
|||
| 16. Round | 10/11/2006 | Tours FC | - | Chamois Niortais | 1:0 | ||||
| 17. Round | 17/11/2006 | Chamois Niortais | - | EA Guingamp | 0:1 | ||||
| 18. Round | 01/12/2006 | US Créteil-Lusitanos | - | Chamois Niortais | 3:1 | ||||
| 23. Round | 02/02/2007 | Chamois Niortais | - | FC Istres | 0:0 |
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