| 19. Round | 02/11/2024 | SpVgg Weiden | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 21. Round | 16/11/2024 | TSV Karlburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 23. Round | 30/11/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | SC Eltersdorf | 0:2 | ||||
| 24. Round | 08/03/2025 | Eintracht Münchberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:4 | ||||
| 25. Round | 15/03/2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | DJK Ammerthal | 2:1 | ||||
| 26. Round | 22/03/2025 | ASV Neumarkt | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 27. Round | 29/03/2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Kornburg | 3:0 | ||||
| 28. Round | 05/04/2025 | DJK Gebenbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:6 |  |
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