| 1. Round | 20/07/2024 | TSV Abtswind | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 |  |
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| 2. Round | 26/07/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Weiden | 1:0 | |
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| 3. Round | 31/07/2024 | VfB Eichstätt | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 |  |
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| 6. Round | 14/08/2024 | SC Eltersdorf | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:0 | ||||
| 8. Round | 24/08/2024 | DJK Ammerthal | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:0 | ||||
| 9. Round | 01/09/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | ASV Neumarkt | 0:2 | |
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| 13. Round | 28/09/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | Jahn Regensburg II | 1:0 | ||||
| 14. Round | 02/10/2024 | ATSV Erlangen | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:3 | |
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| 16. Round | 12/10/2024 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:3 | |
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| 19. Round | 02/11/2024 | SpVgg Weiden | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 20. Round | 09/11/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | VfB Eichstätt | 2:1 | ||||
| 21. Round | 16/11/2024 | TSV Karlburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 24. Round | 08/03/2025 | Eintracht Münchberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:4 | |
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| 27. Round | 29/03/2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Kornburg | 3:0 | ||||
| 28. Round | 05/04/2025 | DJK Gebenbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:6 | ||||
| 29. Round | 13/04/2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | Würzburger FV | 2:2 | |
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