2. Round 25/08/2012 CE Sabadell - Villarreal CF 0:0
3. Round 01/09/2012 Villarreal CF - CD Guadalajara 2:1
4. Round 08/09/2012 SD Ponferradina - Villarreal CF 0:1
5. Round 16/09/2012 Villarreal CF - Hércules CF 1:0
6. Round 22/09/2012 UD Las Palmas - Villarreal CF 2:2
7. Round 29/09/2012 Villarreal CF - Córdoba CF 2:0
8. Round 07/10/2012 Sporting Gijón - Villarreal CF 2:0 red card
11. Round 27/10/2012 Villarreal CF - CD Mirandés 2:0
12. Round 03/11/2012 CD Numancia - Villarreal CF 1:1
13. Round 11/11/2012 Villarreal CF - Real Murcia 1:1
14. Round 17/11/2012 Racing Santander - Villarreal CF 0:3
15. Round 24/11/2012 Villarreal CF - CD Lugo 1:1
17. Round 09/12/2012 Villarreal CF - AD Alcorcón 4:0 Goal
18. Round 15/12/2012 Girona FC - Villarreal CF 2:0 yellow card
19. Round 20/12/2012 Xerez CD - Villarreal CF 0:0 yellow card
20. Round 05/01/2013 Villarreal CF - FC Barcelona B 1:3
21. Round 12/01/2013 UD Almería - Villarreal CF 1:1 yellow card
22. Round 19/01/2013 Real Madrid Castilla - Villarreal CF 5:0 yellow card
24. Round 02/02/2013 CD Guadalajara - Villarreal CF 0:0
25. Round 09/02/2013 Villarreal CF - SD Ponferradina 3:0
26. Round 17/02/2013 Hércules CF - Villarreal CF 1:1 yellow card
27. Round 24/02/2013 Villarreal CF - UD Las Palmas 1:1
28. Round 03/03/2013 Córdoba CF - Villarreal CF 0:2
29. Round 10/03/2013 Villarreal CF - Sporting Gijón 2:1
30. Round 16/03/2013 SD Huesca - Villarreal CF 0:1 yellow-red card
32. Round 31/03/2013 CD Mirandés - Villarreal CF 1:5
33. Round 07/04/2013 Villarreal CF - CD Numancia 6:1 yellow card
34. Round 14/04/2013 Real Murcia - Villarreal CF 1:1
35. Round 21/04/2013 Villarreal CF - Racing Santander 1:0
36. Round 27/04/2013 CD Lugo - Villarreal CF 0:0
37. Round 05/05/2013 Villarreal CF - Elche CF 2:3 yellow-red card
38. Round 12/05/2013 AD Alcorcón - Villarreal CF 1:3 Goal
39. Round 18/05/2013 Villarreal CF - Girona FC 4:1
40. Round 27/05/2013 Villarreal CF - Xerez CD 3:2 Goal
41. Round 02/06/2013 FC Barcelona B - Villarreal CF 0:3 Goal
42. Round 08/06/2013 Villarreal CF - UD Almería 1:0