| 4. Round | 11/09/2016 | Mérida AD | - | Granada CF B | 1:0 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | Atlético Mancha Real | - | Mérida AD | 0:1 |  |
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| 22. Round | 22/01/2017 | Mérida AD | - | UD Melilla | 0:0 | ||||
| 23. Round | 28/01/2017 | Granada CF B | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 25. Round | 12/02/2017 | FC Cartagena | - | Mérida AD | 1:2 | ||||
| 26. Round | 19/02/2017 | Mérida AD | - | Marbella FC | 3:0 | |
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| 27. Round | 26/02/2017 | Real Jaén | - | Mérida AD | 0:1 | |
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| 28. Round | 05/03/2017 | Mérida AD | - | Atlético Sanluqueño CF | 0:0 | ||||
| 29. Round | 12/03/2017 | Extremadura UD | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 30. Round | 19/03/2017 | Mérida AD | - | CF Villanovense | 2:2 | ||||
| 31. Round | 26/03/2017 | FC Jumilla | - | Mérida AD | 0:1 | |
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| 32. Round | 02/04/2017 | Mérida AD | - | RB Linense | 5:1 | ||||
| 33. Round | 08/04/2017 | Recreativo Huelva | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 34. Round | 16/04/2017 | Mérida AD | - | Linares Deportivo | 1:0 | ||||
| 35. Round | 23/04/2017 | Córdoba CF B | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 36. Round | 30/04/2017 | Mérida AD | - | Atlético Mancha Real | 3:0 | ||||
| 37. Round | 07/05/2017 | CD El Ejido 2012 | - | Mérida AD | 0:0 | ||||
| 38. Round | 14/05/2017 | Mérida AD | - | La Roda CF | 3:0 |  |
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