1. Round | 12/08/2012 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
5. Round | 02/09/2012 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 5:1 | ||||
7. Round | 23/09/2012 | KF Shkëndija 79 | - | FK Teteks | 4:1 | ||||
8. Round | 29/09/2012 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | ||||
9. Round | 07/10/2012 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 2:1 | ||||
12. Round | 31/10/2012 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:1 | ||||
17. Round | 02/12/2012 | KF Shkëndija 79 | - | Napredok Kičevo | 2:2 | ||||
20. Round | 12/03/2013 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 6:1 | ||||
22. Round | 31/03/2013 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 2:3 | ||||
23. Round | 03/04/2013 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 3:0 | ||||
24. Round | 07/04/2013 | FK Teteks | - | KF Shkëndija 79 | 2:1 | ||||
27. Round | 27/04/2013 | Napredok Kičevo | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | ||||
31. Round | 19/05/2013 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 4:3 | ||||
33. Round | 02/06/2013 | FK Drita | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 |